Le contrôle de gestion est un processus cyclique conduit dans le cadre d'un projet en cours. Le travail se focalise sur des démarches participatives auxquelles tous les groupes et acteurs concernés sont associés. Les responsabilités sont clairement définies et la gestion de l’information et la communication se font de manière ouverte et transparente. Les compétences liées au contrôle de gestion reviennent au comité directeur sur le plan stratégique, et aux responsables de projets au niveau opérationnel.
Une équipe professionnelle, chargée de l’accompagnement des projets au siège administratif, travaille selon des directives claires dans la mise en œuvre des programmes. Une commission de projet, composée d'experts externes, apporte son savoir-faire et conseille les gestionnaires de projet sur le contenu des projets. Les membres de la commission sont des bénévoles.
Les responsables de projets visitent ceux-ci une à deux fois par année et apportent un soutien aux partenaires pour la planification.
Les responsables sont en outre chargées d'effectuer un monitoring minutieux des projets:
Un contrat établi avec les organisations partenaires sert de référence pour la coopération, dans lequel sont définis les échéances et le contenu des rapports d'activité. Les associations envoient deux fois par année au siège un rapport sur l'évolution de leurs projets. Ceux-ci sont analysés, pour s’assurer que les objectifs sont atteints et que les activités des projets sont mises en œuvre. Les éventuelles divergences sont ensuite discutées avec le partenaire.
Une phase de projet s’étend en règle générale sur trois ans. À la fin de chaque phase, un expert externe effectue une évaluation et les recommandations qui en découlent servent ensuite de base pour la mise en place d’une nouvelle phase de projet.
Des rencontres d’échanges et des workshops sont régulièrement organisés dans le but de soutenir les partenaires. Toutes les organisations sont aussi invitées une fois par année à une rencontre de partenaires. De plus, un soutien institutionnel, administratif et personnel est fourni aux organisations.
En Afrique de l'Ouest et dans les Balkans occidentaux, les responsables de projet sont épaulées par des coordinatrices locales. Celles-ci soutiennent et accompagnent les partenaires dans leur processus de développement et leur fournissent des conseils dans la planification, la conduite et l’évaluation des activités. Ces organes de coordination sont fondamentaux pour l’établissement de réseaux efficaces avec d’autres acteurs en place dans la même région. En périodes politiques instables, les coordinatrices jouent aussi un rôle important en tant que plateforme d’informations pour les responsables de projet en Suisse. Elles peuvent en outre clarifier des situations spécifiques, par exemple lors de catastrophes naturelles ou de crises alimentaires, et accompagner les projets de manière adéquate lorsqu’il est temporairement difficile de se déplacer dans une région pour des questions de sécurité.
